Als complexe polysachariden zijn pectines een natuurlijk bestanddeel van plantencellen. Vooral in de middelste lamellen en primaire celwanden van stengels, bloemen en bladeren zorgen pectines voor een stevige en stabiele structuur en hebben ze een waterregulerende functie. De ruggengraat van een pectinemolecuul, die bestaat uit α-1,4-glycosidisch verbonden D-galacturonzuureenheden, wordt periodiek onderbroken door 1,2-bindingen met α-L-rhamnose. Aan deze rhamnosemoleculen zijn oligomere zijketens van arabinose-, galactose- en xylose-moleculen gebonden. De chemische structuur van de pectinemolecule, die op deze manier met elkaar verbonden is, verklaart ook zijn speciale vermogen om water te binden.
Tot nu toe zijn pectines gevonden in meer dan 200 fruitsoorten. Naast appels zijn citrusvruchten, rozenbottels en wortels bijzonder rijk aan pectine.
Vanuit nutritioneel oogpunt zijn pectines, net als andere voedingsvezels, belangrijke voedingsvezels die door micro-organismen zoals bifido- en lactobacteriën gebruikt kunnen worden als natuurlijke voedingsbron. Pectines worden met name gekenmerkt door hun hoge waterbindende capaciteit (ook wel zwelcapaciteit genoemd).